佛陀涅盘之后肉身留在世俗的痕迹就是舍利。在佛家，认为舍利跟佛爷的肉身一样，以它为信仰和恭敬的对象而礼拜，神圣地供奉。所以发达保管舍利的技术，把它在圪塔或佛像的腹藏中供奉。5颗舍利正在阿弥陀大佛像前边的舍利塔跟万佛宝殿后边海印华藏世界，观音殿舍利箱里供奉。于是可以说万佛寺是佛爷常驻的宝宫。

万佛寺供奉的佛陀真身舍利是1993年2月7日在斯里兰卡最大佛教庆典佛牙节庆典场里斯里兰卡总统捐赠的圣宝。捐给万佛寺的佛陀真身舍利是4世纪前karinga公主给斯里兰卡的舍利之一部分。万佛寺受捐的真身舍利向韩国移运后亲见佛陀真身舍利以及在全国主要城市里供奉高僧应邀法会60天之后，在万佛寺舍利塔等供奉。
舍利是修行的结果而发生的法身。因此真身舍利是另外佛爷的化身。众生以为亲见舍利跟亲见佛陀一样，经过亲见舍利又崇奉又实践佛陀的雅教，得到佛爷的加被而消灭罪孽，愿望求仁得仁。